Para a escolha das três cidades projetos piloto, foram considerados os seguintes critérios de seleção:
- Experiências com programas anteriores relacionados a eficiência energética e hídrica de edifícios, mobilidade urbana e geração distribuída;
- Existência de equipe capacitada, mobilizada e disponível para implementar os projetos piloto;
- Genuíno interesse e vontade política de implementar políticas de estado para a eficiência energética e hídrica de edifícios, mobilidade urbana e geração distribuída;
- Autorização para publicação de dados e resultados do projeto.
Os acordos de cooperação com os municípios piloto, estabelecem compromissos de participar ativamente do projeto, garantindo disponibilidade de equipe e publicação de resultados e monitoramento de forma aberta, sendo feita em troca a assessoria técnica por parte da equipe do projeto Cidades Eficientes.